澳大利亚、新西兰和巴布亚新几内亚要求申请人只能持一个有效的入境签证，如果持卡人在APEC商务旅行卡有效期内另外申请上述经济体的入境签证，一旦获批，其后发的有效期较短的签证将自动覆盖旅行卡承载的有效期五年的“签证”，使APEC商务旅行卡签证失效，导致持卡人无法凭APEC商务旅行卡入境，这就是“签证覆盖”问题。其他经济体虽未见“签证覆盖”问题的发生，但亦不建议持卡人另外申请同类签证。